FMV är indelat i sju verksamhetsområden och fem staber. FMV:s styrelse är ansvarig för FMV inför regeringen.
Generaldirektör Göran Mårtensson
Göran Mårtensson är sedan den 1/3 2016 FMV:s generaldirektör. I sitt arbete som generaldirektör leder Göran myndighetens dagliga verksamhet. Han har tidigare varit chef för Artilleriregementet, Kristinehamns garnison och Markstridsskolan i Skövde och Kvarn. Han har också varit Försvarsmaktens produktionschef och insatschef samt varit ledamot i FHS:s styrelse. För närvarande är han förutom sitt uppdrag som generaldirektör också ledamot i Kungliga krigsvetenskapsakademin.